「確定申告の時期になると、一年分の領収書とレシートの山を前に途方に暮れる」「青色申告で複式簿記が必要と聞いたが、簿記の知識がなくて手が止まる」「インボイスや電子帳簿保存法という言葉は聞くけれど、自分が何をすればいいのか分からない」——個人事業主・フリーランスの方から、毎年このようなご相談をいただきます。
こうした悩みを大きく軽減してくれるのが、クラウド会計ソフトです。2019年当時はまだ「インストール型からクラウド型へ移行が進み始めた」段階でしたが、2026年現在、個人事業主の確定申告はクラウド会計が事実上の標準になりました。背景には、インボイス制度（2023年10月開始）や電子帳簿保存法の改正（電子取引データの電子保存が2022年1月施行・2024年1月から本格適用）という、紙の管理では対応しきれない制度変更があります。
この記事では、Iroae税理士事務所が税理士監修の立場から、クラウド会計を個人事業主が確定申告に使う具体的なメリットを4つに整理し、あわせて2026年時点の最新制度との関係、主要ソフトの選び方、導入の進め方まで実務目線で解説します。
そもそもクラウド会計ソフトとは
クラウド会計ソフトとは、パソコンに専用ソフトをインストールするのではなく、インターネット上のサービスにログインして利用する会計ソフトです。代表的なものに freee会計、マネーフォワード クラウド確定申告、弥生会計オンライン（やよいの青色申告 オンライン）があります。
従来のインストール型との最大の違いは、データがクラウド（事業者のサーバー）に保存される点と、月額・年額の利用料を払う「サブスクリプション型」である点です。この仕組みが、後述する複数のメリットの土台になっています。
なお、いずれのソフトも個人事業主向け・法人向けでプランが分かれています。本記事では主に個人事業主の確定申告（青色申告・白色申告）を前提に解説します。
クラウド会計が個人事業主の確定申告に役立つ4つのメリット
メリット1：銀行・クレジットカード連携で複式簿記の記帳が自動化される
青色申告で最大65万円の特別控除を受けるには、複式簿記による帳簿付けが必要です。しかし簿記の経験がない方にとって、「借方・貸方」を一から手入力するのは大きな負担です。
クラウド会計の最大の強みは、ここを自動化できる点にあります。事業用の銀行口座やクレジットカードを連携設定しておくと、取引データが自動で取り込まれ、「この入金は売上」「この支払いは消耗品費」といった仕訳の候補をソフトが提示してくれます。利用者は内容を確認して登録ボタンを押すだけで、簿記の専門知識がなくても複式簿記の帳簿が積み上がっていきます。
確定申告の直前にまとめて入力するのではなく、日々の取引が自動で記録されていくため、申告期限間際に慌てる事態を避けやすくなるのも実務上の利点です。
メリット2：制度改正への対応・アップデートが自動で、月額制で始めやすい
会計や税の制度は毎年のように変わります。インストール型ソフトの時代は、税制改正のたびに有料の更新版を買い直す必要がありました。
クラウド会計では、制度改正に合わせた機能更新がサービス側で自動的に行われ、利用者が追加でソフトを買い直す必要がありません。後述するインボイス制度や電子帳簿保存法への対応機能も、各社が標準で順次提供しています。
料金体系も、高額な初期費用を払って買い切る形ではなく、月額または年額のサブスクリプション型が中心です。開業したての個人事業主でも、まずは小さなコストで始められます。各社とも個人事業主向けプランを用意しており、機能の範囲によって複数のプランから選べます（具体的な金額・プラン構成は改定されることがあるため、契約前に各社公式サイトで最新情報をご確認ください）。
メリット3：自動バックアップとマルチデバイス対応でデータを守りやすい
インストール型ソフトでは、パソコンの故障やデータ消失が起きると、一年分の帳簿が失われるリスクがありました。クラウド会計はデータが事業者のサーバー上に保存されるため、利用者側でバックアップ作業をしなくてもデータが保全されやすく、万一手元のパソコンが壊れても、別の端末からログインすれば作業を続けられます。
また、多くのクラウド会計はスマートフォンアプリに対応しており、外出先で受け取ったレシートをその場で撮影して取り込む、といった使い方もできます。パソコン・スマートフォン・タブレットなど複数の端末から同じデータにアクセスできるため、すき間時間に記帳を進めやすいのも個人事業主にとって現実的なメリットです。
メリット4：税理士とリアルタイムでデータを共有できる
確定申告で不安が残る部分を税理士に相談したいとき、クラウド会計なら会計データをそのままオンラインで共有できます。郵送やUSBメモリでデータを受け渡しする必要がなく、税理士が同じ画面を見ながら仕訳の誤りをチェックしたり、節税のアドバイスをしたりしやすくなります。
「自分で記帳は進めるが、年に一度だけ専門家の目で確認してほしい」という個人事業主の方にとって、このデータ共有のしやすさは、税理士との顧問契約やスポット相談のハードルを大きく下げます。Iroae税理士事務所でも、クラウド会計を使うお客様とはデータを共有しながら、効率的にサポートしています。
2026年の個人事業主が「今」クラウド会計を選ぶべき理由
メリットに加えて、近年の制度改正がクラウド会計の必要性を一段と高めています。確定申告に直結する2つの論点を押さえておきましょう。
インボイス制度（適格請求書等保存方式）への対応
2023年10月にインボイス制度が始まり、適格請求書発行事業者として登録した個人事業主は、要件を満たした適格請求書（インボイス）の発行・保存が必要になりました。手書きやばらばらのフォーマットで管理するのは煩雑ですが、主要なクラウド会計は適格請求書の発行機能や、受け取った請求書の登録番号の扱いに対応する機能を備えています。
なお、自分がインボイス発行事業者として登録すべきかどうかは、取引先の状況や売上規模によって判断が分かれる重要な論点です。判断の軸はシンプルで、取引先が課税事業者（仕入税額控除のために適格請求書を必要とする企業）中心なら登録の効果が大きく、取引先が一般消費者や免税事業者中心であれば登録の必要性は下がります。登録すると消費税の納税義務が生じますが、免税事業者からインボイス登録を機に課税事業者になった個人事業主には、令和8年（2026年）分の確定申告まで「2割特例」（納める消費税を売上税額の2割に抑えられる仕組み）が使えるため、登録初期の負担は軽減されます。さらに令和8年度税制改正で「3割特例」が新設され、2割特例の対象だった個人事業主は、令和9年（2027年）分・令和10年（2028年）分の確定申告について、納める消費税を売上税額の3割に抑えられます（売上税額の7割を控除できる仕組み）。いずれも事前の届出は不要で、確定申告書に適用を受ける旨を付記するだけで利用できます。取引先の構成と売上規模を踏まえて判断しましょう。
電子帳簿保存法の改正（電子取引データの電子保存義務化）
電子帳簿保存法の改正により、電子取引データの電子保存は2022年1月に施行され、2023年12月末までの宥恕措置を経て、2024年1月から本格適用となりました。メールやインターネット通販などで電子的にやり取りした請求書・領収書（電子取引データ）は、原則として電子データのまま保存することが求められます。これは個人事業主・フリーランスも対象です。
「ネット通販で買った備品の領収書をメールで受け取り、それを印刷して紙でファイルする」という従来のやり方は、電子取引データの保存方法としては原則認められなくなっています。ただし、相当の理由があると所轄税務署長が認め、税務調査の際にデータのダウンロードの求めや書面の提示に応じられる場合などには電子データ保存が認められる猶予措置も設けられており、検索要件についても基準期間の売上高が5,000万円以下の事業者などには緩和措置があります。クラウド会計や関連サービスを使えば、電子取引データを法令の保存要件に沿って保管しやすくなるため、制度対応の面でも導入メリットがあります。
これらの制度は専門的で例外規定も多いため、自分のケースで何をどう保存すべきか確認したい場合は、最新情報を国税庁の公式サイトでご確認ください。
主要なクラウド会計ソフトの選び方
「結局どのソフトを選べばよいか」は、最も多いご質問の一つです。代表的な3つのサービスの特徴を、選び方の観点で整理します。
| ソフト名 | 特徴・向いている方 |
|---|---|
| freee会計 | 簿記の知識がなくても、質問に答える形で記帳・申告を進めやすい設計。これから初めて会計に取り組む個人事業主に向きやすい |
| マネーフォワード クラウド確定申告 | 銀行・クレジットカード・各種サービスとの連携に強み。複数の口座やサービスを使い分けている方に向きやすい |
| 弥生会計オンライン（やよいの青色申告 オンライン） | 会計ソフトの定番ブランドとして実績が長く、サポート体制を重視する方に向きやすい |
選ぶ際のポイントは、おおむね次のとおりです。
- 無料お試し期間を必ず活用する：各社とも無料体験や試用の仕組みを用意しています。実際の操作感や、自分が使っている銀行・クレジットカードと連携できるかを確かめてから契約しましょう。
- 連携できる金融機関・サービスを確認する：日常的に使う口座やキャッシュレス決済が連携対象かどうかで、自動化の効果が大きく変わります。
- 必要な機能とプランを照らし合わせる：請求書発行、消費税申告、固定資産の管理など、自分に必要な機能が含まれるプランかを確認します。
- 税理士と連携しやすいか：将来的に専門家のサポートを受けたい場合、税理士がそのソフトに対応しているかも確認しておくと安心です。
なお、料金プランや機能は改定されることがあります。契約前に各社公式サイトで最新の内容をご確認ください。
クラウド会計の導入ステップと、注意しておきたい点
導入は、おおまかに次の流れで進められます。
- 利用するソフトを選び、アカウントを登録する（まずは無料お試しから）
- 事業用の銀行口座・クレジットカードを連携設定する
- 取り込まれた取引に勘定科目（経費の種類など）を割り当てて仕訳を確定する
- 日々または定期的に記帳を進め、確定申告期に申告書を作成・提出する
スムーズに進めるコツは、事業用とプライベートの口座・カードを分けておくことです。混在していると、どの支出が経費かの判断に手間がかかり、自動化のメリットが薄れてしまいます。
一方で、税理士の立場から注意点もお伝えします。クラウド会計の自動仕訳はあくまで「候補の提案」であり、すべてが正しいとは限りません。特に、家事按分（自宅兼事務所の家賃や通信費を事業分と私用分に分ける処理）、減価償却、消費税の課税・非課税の判定などは、専門的な判断が必要で、ソフト任せにすると誤った申告につながることがあります。また、消費税の課税事業者になった場合は処理が一段と複雑になります。記帳は自分で進めつつ、要所では専門家のチェックを受ける形が、結果として安心かつ効率的です。
よくある質問（FAQ）
Q. 簿記の知識がまったくなくても使えますか？ A. 銀行・クレジットカード連携と自動仕訳の機能により、簿記が未経験の方でも複式簿記の帳簿を作りやすい設計になっています。ただし、家事按分や減価償却など判断が必要な処理もあるため、不安な部分は税理士に確認すると安心です。
Q. 白色申告でもクラウド会計は使えますか？ A. 使えます。白色申告は簡易な記帳で済みますが、クラウド会計を使えば集計や申告書作成が楽になります。なお、青色申告（最大65万円の特別控除）の方が税制上のメリットは大きいため、これを機に青色申告への切り替えを検討する価値もあります。
Q. 青色申告特別控除の65万円を受けるには何が必要ですか？ A. 複式簿記による記帳に加えて、e-Taxによる電子申告を行うか、一定の要件を満たす電子帳簿保存を行うことが要件です。これらの要件を満たさない場合の控除額は55万円または10万円になります。クラウド会計はe-Taxとの連携に対応しているものが多く、65万円控除を狙ううえでも相性が良いといえます。要件の詳細は国税庁の公式情報をご確認ください。
Q. インストール型からクラウド型へ乗り換えできますか？ A. 多くのクラウド会計に、過去データを移行する仕組みがあります。年度の区切りで移行するのがスムーズです。移行時のデータの引き継ぎに不安がある場合は、税理士に相談しながら進めることをおすすめします。
まとめ：クラウド会計は「導入」より「正しい運用」が鍵
クラウド会計を個人事業主が確定申告に使うメリットは、(1) 銀行・カード連携による複式簿記の自動化、(2) 制度改正への自動対応と始めやすい月額制、(3) 自動バックアップとマルチデバイス対応、(4) 税理士とのリアルタイムなデータ共有、の4つに整理できます。さらに2026年の今は、インボイス制度や電子帳簿保存法への対応という観点からも、クラウド会計の導入が現実的な選択肢になっています。
一方で、自動仕訳の確認、家事按分・減価償却・消費税の判定には専門的な判断が伴います。インボイス登録の要否は、取引先が課税事業者中心か一般消費者中心かと、売上規模・2割特例や3割特例の損得を踏まえれば見通しを立てられます。ツールの導入そのものより、それを正しく運用し、誤りのない申告につなげることが大切です。
Iroae税理士事務所では、クラウド会計ソフトの選定・初期設定から、日々の記帳サポート、確定申告、インボイス・電子帳簿保存法への対応まで、個人事業主・フリーランスの方を一貫してサポートしています。「どのソフトを選べばいいか分からない」「自分のケースでインボイス登録すべきか迷っている」といった段階からでも構いません。オンラインの無料相談を承っておりますので、お気軽にお問い合わせください。
※本記事は2026年時点の一般的な情報をもとに、税理士監修のうえで作成しています。税制・各制度の取り扱いや、各ソフトの料金・機能は改定されることがあります。実際の申告にあたっては、国税庁の公式情報をご確認いただくか、Iroae税理士事務所までご相談ください。