インボイス制度は2023年10月の開始から数年が経ち、「登録するかどうか」の段階は終わりました。2026年のいま法人が押さえるべきは、次の2点です。
- 2026年10月から、免税事業者からの仕入れにかかる控除割合が80%から70%に下がる（経過措置の段階縮小が始まる）
- 2割特例の適用期限が迫っている（2026年9月30日を含む課税期間まで）
つまり、2026年は「インボイス対応の第2ラウンド」が始まる年です。本記事では、監査法人出身の税理士が、法人の発行側・受取側の実務と、簡易課税・2割特例の使い分け、今後のスケジュールを整理します。
まず全体像：インボイス制度で法人は何をするのか
インボイス（適格請求書）制度は、消費税の仕入税額控除（売上の消費税から仕入れの消費税を差し引く仕組み）の要件を定めた制度です。法人の立場は2つあります。
- 発行側: 適格請求書発行事業者として登録し、登録番号・税率・消費税額を記載したインボイスを発行・保存する
- 受取側: 受け取った請求書がインボイスかどうかを確認し、区分して経理・保存する。インボイスのない仕入れは、原則として仕入税額控除ができない（後述の経過措置あり）
【最重要】免税事業者からの仕入れ：経過措置のスケジュール
インボイスを発行できない相手（免税事業者の外注先・個人事業主など）からの仕入れでも、当面は一定割合の控除が認められる経過措置があります。このスケジュールが税制改正で見直され、段階的な縮小が確定しています。
| 期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 2023年10月〜2026年9月 | 80% |
| 2026年10月〜2028年9月 | 70% |
| 2028年10月〜2030年9月 | 50% |
| 2030年10月〜2031年9月 | 30% |
| 2031年10月〜 | 控除不可（0%） |
注意していただきたいのは、かつて広く知られていた「80%→50%→2029年に終了」という旧スケジュールが改正で変わっている点です。古い記事や資料のままの理解で経理処理・価格交渉をすると誤ります。
実務への影響はシンプルです。免税事業者の外注先に年間1,000万円（税抜）を支払っている原則課税の法人なら、2026年10月以降、控除できない消費税が年間約30万円（消費税100万円×30%）に増えます（現在は20万円）。免税の取引先が多い法人は、①取引条件の再確認、②相手の登録意向の確認、③コスト増の価格への織り込み——を2026年10月までに済ませておくべきです。
納税額の計算方法は3つ：原則・簡易・2割特例
1. 原則課税（本則課税）
売上の消費税から、インボイスに基づく仕入れの消費税を実額で控除します。設備投資が大きい年は還付もあり得る一方、経理負担は最も重い方式です。
2. 簡易課税
基準期間（2期前）の課税売上高が5,000万円以下の法人が、事前届出により選択できます。仕入れの実額を集計せず、売上の消費税に業種ごとのみなし仕入率を掛けて控除額を計算します。
| 事業区分 | 業種の例 | みなし仕入率 |
|---|---|---|
| 第1種 | 卸売業 | 90% |
| 第2種 | 小売業 | 80% |
| 第3種 | 製造業・建設業 | 70% |
| 第4種 | 飲食店業など | 60% |
| 第5種 | サービス業・金融保険業 | 50% |
| 第6種 | 不動産業 | 40% |
簡易課税の最大の利点は、受け取ったインボイスの保存・確認が納税額計算に影響しないこと。免税事業者への外注が多くても納税額が増えません（経過措置の縮小の影響を受けません）。一方、いったん選択すると2年間継続が原則で、大きな設備投資をしても還付が受けられない点が弱点です。
3. 2割特例（適用期限が迫っています）
インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった小規模事業者は、届出不要で、納税額を「売上の消費税の2割」とする特例を使えます。簡易課税の第2種（みなし仕入率80%）と同等の負担で、申告時に選ぶだけという手軽さが特徴です。
ただし、適用は2026年9月30日を含む課税期間までです。たとえば3月決算の法人なら、2026年4月〜2027年3月期が最後の適用期間になります。2割特例が終わった後にどの方式で計算するか——ここが2026年の重要論点です。
なお、税制改正で新設された「3割特例」（納税額を売上税額の3割とする措置）は個人事業主のみが対象で、法人は使えません。法人の出口は「簡易課税か原則課税か」の二択です。
2割特例の「出口」：簡易課税への移行手続き
2割特例を使っていた法人が簡易課税に移りたい場合、原則は「適用したい課税期間の開始前」までに届出が必要ですが、2割特例を適用していた課税期間の翌課税期間中に届出を出せば、その期から簡易課税を適用できる特例的な取り扱いがあります。とはいえ、決算間際に慌てないよう、最後の2割特例の期の決算前に、翌期の方式を決めておくのが安全です。
税理士からのひとこと（監査目線）：「簡易と原則のどちらが得か」は、直近2〜3期の実データで両方式の納税額を計算して比べるだけで答えが出ます。感覚で選ぶものではありません。判断の目安は2つ。①外注費・仕入れなど課税仕入れの比率がみなし仕入率より高いなら原則が有利、②今後2年内に大きな設備投資・出店の予定があるなら、還付の可能性がある原則を残す——です。簡易課税は2年縛りがあるため、「来期に内装工事1,000万円」のような計画があるのに簡易を選ぶと、還付を取り損ねます。納税額の比較は決算のたびに更新してください。
発行側の実務チェックリスト
- 記載事項: 登録番号・取引年月日・取引内容（軽減税率対象の明記）・税率ごとの対価の額と消費税額・宛名。請求書システムのテンプレートが要件を満たしているか再確認を
- 端数処理: 消費税額の端数処理は1つのインボイスにつき税率ごとに1回。明細行ごとの端数処理は不可です
- 返品・値引き: 返還インボイスの交付が原則ですが、税込1万円未満の値引き等（振込手数料相当の値引きなど）は交付免除（恒久措置）です
- 保存: 発行した（受け取った）インボイスは7年間保存。電子データでやり取りしたものは電子帳簿保存法の要件に沿った保存が必要です
受取側の実務チェックリスト
- 登録番号の確認: 新規取引先は国税庁の公表サイトで番号の有効性を確認し、確認結果を記録に残す
- 免税事業者との取引の区分: 会計ソフト上で経過措置（2026年10月からは70%控除）の区分入力を正しく設定する
- 少額特例の活用: 基準期間の課税売上高1億円以下などの要件を満たす法人は、税込1万円未満の課税仕入れはインボイス不要（帳簿のみで控除可）。この特例は2029年9月30日までです。少額経費の領収書回収に消耗している会社は、適用対象かを必ず確認してください
- 家賃・口座振替: 請求書が毎月発行されない取引は、契約書＋通帳記録などの組み合わせで要件を満たす形を整える
ケース別：2026年にやるべきことシナリオ
ケース1）原則課税・免税の外注先が多い建設業（年商2億円） 最優先は経過措置縮小の影響試算です。免税外注先への年間支払額を集計し、10月以降の控除減（80%→70%）を金額化します。影響が大きい外注先から順に、登録意向の確認と単価協議を進め、会計ソフトの経過措置区分の設定も10月までに更新します。
ケース2）簡易課税のコンサルティング業（年商3,000万円） 納税額への直接影響はありません。やるべきは、来期以降の設備投資・人員計画を踏まえた「簡易継続でよいか」の年次見直しと、基準期間売上が5,000万円に近づいていないかの確認です。超えると自動的に原則課税へ移行するため、移行期のインボイス管理体制を前倒しで整えます。
ケース3）2割特例を使ってきた新設法人（3月決算・年商1,500万円） 2026年4月〜2027年3月期が2割特例の最後の適用期間です。この期の決算までに、翌期を簡易課税にするか原則課税にするかを実データで比較し、簡易を選ぶなら届出のタイミング（翌課税期間中の届出による即時適用の取り扱い）を確認して動きます。何もしないと自動的に原則課税となり、インボイス集計の事務負担が一気に増えます。
よくある質問（FAQ）
Q. 売上がほぼBtoCです。インボイス登録は必要ですか？ A. 顧客が消費者中心なら、相手は仕入税額控除を必要としないため、登録の必要性は低くなります。ただし法人は事業者間取引が少しでもあると要請を受けやすく、免税事業者のままでいられるか（そもそも課税事業者か）と併せて取引構造で判断します。
Q. 簡易課税と2割特例はどちらが有利ですか？ A. 2割特例は実質「みなし仕入率80%」です。卸売業（第1種・90%)以外の業種では、簡易課税より2割特例のほうが有利か同等のことが多く、使える期間は2割特例を優先するのが基本です（申告時に選択でき、届出も不要です）。
Q. 経過措置の70%への縮小で、当社は何をすべきですか？ A. 原則課税の法人は、免税事業者への支払いを集計し、2026年10月以降の控除減少額を試算してください。金額が大きければ、取引先の登録意向確認や取引条件の見直し交渉を進めます。簡易課税・2割特例の法人には直接の影響はありません。
Q. 取引先の免税事業者に「登録してほしい」と要請してもよいですか？ A. 登録の要請自体は問題ありませんが、登録しないことを理由とした一方的な取引価格の引き下げ・取引停止は、独占禁止法・下請法上問題となるおそれが指摘されています。経過措置の控除割合を踏まえた合理的な協議の形を取ってください。
Q. インボイスの保存は紙でもよいですか？ A. 紙で受け取ったものは紙でもスキャナ保存でも構いません。ただしメール添付のPDFなど電子で受け取ったものは、電子帳簿保存法の要件（改ざん防止措置・検索性）を満たした電子保存が必要です。
まとめ
- 2026年の最重要トピックは、10月からの経過措置縮小（80%→70%）と2割特例の期限（2026年9月30日を含む課税期間まで）
- 経過措置はその後も70%→50%→30%→2031年10月に終了と段階縮小が確定済み。旧スケジュール（80→50→2029年終了）の理解は誤り
- 納税計算は原則・簡易・2割特例の3方式。2割特例終了後の法人の出口は簡易か原則の二択（3割特例は個人のみ）
- 簡易か原則かは実データで両方式を計算して比較。設備投資予定があるなら簡易の2年縛りに注意
- 少額特例（1万円未満は帳簿のみ）は2029年9月30日まで。使える法人は経理工数を大きく削減できる
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Iroae税理士事務所では、簡易課税と原則課税の有利判定（実データでの両方式比較）、2割特例終了後の移行設計、経過措置縮小のコスト試算と取引条件の整理、経理フローのインボイス対応まで一貫してサポートしています。「自社はどの方式が得なのか、数字で知りたい」——監査法人出身の税理士が、御社の申告データに基づいてお答えします。
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※本記事は2026年時点の制度（直近の税制改正による経過措置スケジュールの見直しを含む）をもとに、税理士の監修のもと作成しています。特例の適用期限・要件は今後も改正される場合があります。実際の判断にあたっては、必ず国税庁の最新情報をご確認いただくか、税理士にご相談ください。